如何使用conda轻松管理您的软件

Conda 是一种环境和软件包管理器，是市场上所有竞争对手中最好、最简单的。conda的主要作用是管理软件，因为有可能存在软件的三角关系，其中第一个软件依赖于第二个软件的特定版本，而第三个软件依赖于另一个特定版本的第二个软件。

对于这些情况，conda提供了不同的环境，可以在不影响其他软件的情况下存在两个软件版本。

软件简介

软件是一组用于运行设备并执行特定任务的指令、信息或计算机程序。相对于软件，硬件是计算机外部设备的术语。在这种用法中，”软件”指的是设备上运行的脚本、程序和应用程序。

早期软件是为特定的机器创建的，并与这些计算机使用的硬件一起销售。在20世纪80年代，软件开始在软盘上销售，然后使用CD和DVD。现在大多数软件都是通过互联网购买和下载的。供应商或应用程序服务提供商的网站可能包含软件。

以下是各种类别中最典型的软件类型：

应用程序软件
系统软件
驱动程序软件
中间件
编程软件

conda简介

大多数我们想在生物信息学中使用的工具都可以使用Conda进行安装，它是一个软件包和环境管理器。虽然并不是所有的东西都可用，但几乎我们想使用的一切都是可用的。”可通过conda安装”表示有人(可能是开发人员，也可能是其他人)经过了费劲的努力使其变得可用。Conda具有处理各种上下文的额外好处，这使得设置变得更简单。程序A可能偶尔依赖于程序B的特定版本。然而，程序C可能依赖于程序B的不同版本，这会导致问题。

当我们尝试安装新内容时，Conda会自动为我们检查并使我们能够简单地设置和管理不同的环境以避免这种版本冲突(这样我们就能够在破坏某个隐藏在后台的东西之前获得信息，而不知道发生了什么)。进一步的优势还包括有助于可重复性，所以让我们开始吧！

使用Conda管理软件

在Windows中使用Anaconda提示符或在macOS或Linux中使用终端窗口时，您可以使用强大的软件包管理器和环境管理器Conda。

环境管理

Conda使您能够创建独立的环境，其中包含文件、软件包及其依赖关系，彼此之间不相互影响。

当您开始使用Conda时，已经有一个名为”default”的基本环境。然而，您不应该将任何应用程序添加到默认环境中。为了使您的程序彼此独立，创建独立的环境。

让我们来看看在Conda中设置环境的一些步骤：

首先，我们必须创建一个环境，然后我们可以在其中安装一个软件包。用于创建conda环境和安装新软件包的命令如下：

conda create -- name enviorment_name pakage_name

在这里，environment_name 是我们想要给 conda 环境起的名字，package_name 是我们想要安装的包的名字。

为了使用 conda 环境，我们必须激活它。根据版本，有两种方法可以实现：

对于版本小于 4.6 的情况，命令如下：

Windows: activate environment_name
macOS and Linux: source activate environment_name

对于4.6版本及更高版本，命令是：

Windows: conda activate environment_name
macOS and Linux: conda activate environment_name

要获取由用户创建的所有环境的列表，可以使用以下标签

conda info –envs

如果用户只输入“activate”或“source activate”命令，则当前环境将被停用，用户将恢复到基本环境。

管理Python

使用conda可以轻松安装和使用Python，conda会安装与安装Anaconda时使用的Python版本相同的版本。它还提供了下载用户需要的不同版本的Python的选项。

让我们看一下一些用于管理Python编程语言的命令

首先，我们必须创建一个环境，然后在其中安装一个特定版本的Python

conda create --name enviorment_name python=x

这里的enviorment_name是我们想要给conda环境的名称，x是我们想要安装的Python版本。

要使用Python，首先我们必须激活conda环境，然后我们可以使用它。
还可以使用上述定义的第三步验证当前版本是否已激活。

管理包

我们已经了解了如何在环境中创建环境并安装包，但最后一个任务是如何管理已安装的包。Conda提供了各种命令，通过这些命令我们可以查找包或查找当前环境中安装的所有包。

要搜索包 – ‘conda search package_name’ ，要查找环境中的所有包 – ‘conda list’ 命令，其中 ‘package_name’ 是我们要搜索的特定包的名称。

结论

Conda是市场上所有竞争对手中最好、最简单的环境和包管理器。我们想要在生物信息学中使用的大多数工具都可以使用Conda、包和环境管理器安装。不是所有的东西都是可用的，但几乎我们可能想要使用的每一样东西都是可用的。”conda-installable”意味着某人（可能是开发人员，也可能是其他人）已经费劲地使其成为可能。